Обновление R с использованием RStudio

Ответы:

137

Вы устанавливаете новую версию R с официального сайта .

RStudio должен автоматически запуститься с новой версией при перезапуске.

Если вам нужно сделать это вручную, в RStudio, перейдите по ссылке: Сервис -> Параметры -> Общие.

Проверьте @ micstr ответ для более подробного прохождения.

agstudy
источник
48
RStudio обнаруживает это автоматически ... Вам нужно обновить опцию, только если вы хотите использовать другую (предыдущую, x32, x64) битную версию.
Брэндон Бертельсен
7
@ Брэндон Бертельсен Как? Он никогда не обновляет мою версию R. И «обновление» в меню справки - это обновление только RStudio.
user2923419
2
Устаревший ответ. Вы должны перезапустить RStudio после установки новой версии R. Чтобы RStudio автоматически обнаружил новую версию, закройте и снова откройте RStudio.
военный корабль
1
@warship Действительно, я не понимаю ваш комментарий, для меня close and reopen RStudio ~~restart RStudio
agstudy
@agstudy Я рекомендую вам добавить в свой ответ, что вы должны закрыть и снова открыть RStudio (или перезапустить RStudio, какую бы формулировку вы не предпочли). «Затем вы измените путь в вашей Rstudio опции: Инструменты -> Параметры -> Общие» не работает для меня. Тем не менее, перезапуск R сделал, так что было бы хорошо обновить ваш ответ, чтобы включить эту информацию.
военный корабль
278

Для полноты ответ таков: вы не можете сделать это из RStudio. У @agstudy все в порядке - вам нужно установить более новую версию R, затем перезапустить RStudio, и она автоматически использует новую версию, как заметил @Brandon.

Было бы здорово, если бы существовала функция update.R (), аналогичная функции install.packages () или update.packages (function).

Итак, чтобы установить R,

  1. перейти на http://www.r-project.org ,
  2. нажмите на «CRAN»,
  3. затем выберите понравившийся сайт CRAN. Мне нравится Канзас: http://rweb.quant.ku.edu/cran/ .
  4. нажмите «Скачать R для XXX» [где XXX - ваша операционная система]
  5. следуйте процедуре установки для вашей операционной системы
  6. перезапустите RStudio
  7. веселись

--wait - как насчет моих любимых пакетов ?? -

Хорошо, я использую Mac, поэтому я могу предоставить только точные данные для Mac - возможно, кто-то другой может предоставить точные пути для Windows / Linux; Я верю, что процесс будет таким же.

Чтобы ваши пакеты работали с вашей новой блестящей версией R, вам необходимо:

  1. переместить пакеты из старой установки R в новую версию; на Mac OSX это означает перемещение всех папок отсюда:

    /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library

    сюда:

    /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library

    [где вы замените «2.15» и «3.0» на любые версии, с которых вы обновляете и до. И копируйте только те пакеты, которых еще нет в каталоге назначения. т.е. не перезаписывайте ваш новый «базовый» пакет старым - если вы это сделали, не беспокойтесь, мы все равно исправим это на следующем шаге. Если эти пути не работают для вас, попробуйте использовать, installed.packages() чтобы найти правильные имена путей.]

  2. Теперь вы можете обновить свои пакеты, набрав update.packages()в консоли RStudio и ответив 'y' на все запросы.

    > update.packages(checkBuilt=TRUE)
    class :
     Version 7.3-7 installed in /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library 
     Version 7.3-8 available at http://cran.rstudio.com
    Update (y/N/c)?  y
    ---etc---
    
  3. наконец, чтобы убедиться, что вы все сделали, введите эти две команды в консоли RStudio, чтобы увидеть, что у вас есть:

    > version
    > packageStatus()
    
RyanStochastic
источник
4
Всякий раз, когда кто-то говорит, что вы не можете сделать что-то с R, я просто хочу это сделать. Похоже, пришло время взломать что-то вместе с RCurl и некоторыми systemзвонками ...
Dason
Я не могу дождаться, когда ты это сделаешь :)
RyanStochastic
17
Это не моя собственная работа, но это уже сделано для пользователей Windows: github.com/talgalili/installr
Дейсон
3
Таким образом, более поздние ответы показали, что ни «правильный» ответ, ни ответ с наибольшим количеством голосов не дают очень полного ответа, кажется, что это настолько очевидно, что что-то должно быть сделано, чтобы обновить это.
Стенемо
2
Кажется, наконец-то есть пакет R, который обновляет R из RStudio с помощью компьютера Mac: github.com/AndreaCirilloAC/updateR
jroberayalas
113

Если вы используете Windows, вы можете использовать установщик . Пример использования здесь

Джеймс Оверс
источник
8
Просто отметим, что вы можете запустить процесс обновления изнутри RStudio
peter2108
4
Это тоже мой способ выбора. Код для перемещения всех ваших пакетов особенно прост. # installing/loading the package: if(!require(installr)) { install.packages("installr"); require(installr)} #load / install+load installr updateR(F, T, T, F, T, F, T) # install, move, update.package, quit R.
Том
@ peter2108 Нет. По крайней мере, я должен использовать установщик без Rstudio.
user2923419
1
Я получаю сообщение об ошибке: Ошибка в файле (con, "r"): не удается открыть соединение. Есть идеи?
Заброшенный
3
@SoilSciGuy, если вы получаете «Ошибка в файле (con,« r »)», попробуйте setInternet2(TRUE) см. Раздел «Устранение неполадок»
ToJo
58

Я бы порекомендовал использовать установщик пакета Windows для этого. Пакет не только обновит вашу версию R, но также скопирует и обновит все ваши пакеты. Существует блог на эту тему здесь . Просто запустите следующие команды в R Studio и следуйте инструкциям:

# installing/loading the package:
if(!require(installr)) {
install.packages("installr"); require(installr)} #load / install+load installr

# using the package:
updateR() # this will start the updating process of your R installation.  It will check for newer versions, and if one is available, will guide you through the decisions you'd need to make.
Borealis
источник
10
Пакет installr кажется отличным решением, но, к сожалению, только для Windows.
Майкл Макаскилл
@clemlaflemme: Сколько времени занимает запуск updateR ()? Моя сессия Rstudio, кажется, зависает, когда я запускаю это. Не уверен, что это нормально. Спасибо!
Райан Чейз
очень разумно; на данный момент я даже не могу вспомнить, то есть это не проблема.
ClementWalter
42

Если вы используете компьютер Mac , вы можете использовать новый пакет updateR для обновления версии R от RStudio: http://www.andreacirillo.com/2018/02/10/updater-package-update-r-version- с-функции-на-MAC-OSX /

В итоге вам необходимо выполнить это:

Чтобы обновить версию R из Rstudio с помощью updateR, вам просто нужно выполнить следующие пять строк кода :

install.packages('devtools') #assuming it is not already installed
library(devtools)
install_github('andreacirilloac/updateR')
library(updateR)
updateR(admin_password = 'Admin user password')

в конце процесса установки появится сообщение, подтверждающее счастливый конец:

everything went smoothly
open a Terminal session and run 'R' to assert that latest version was installed
jroberayalas
источник
1
После успешной установки новой версии R (с сообщением выше) система хочет обновить пакеты и спрашивает меня, хочу ли я перезапустить R. В обоих случаях (да или нет) я получил следующее сообщениеinstall.packages(as.vector(needed_packages)) Error in install.packages : object 'needed_packages' not found
petzi
@petzi это должно было быть исправлено в более поздних выпусках. пожалуйста, ознакомьтесь с официальным репо для дальнейших обновлений: github.com/AndreaCirilloAC/updateR
Andrea Cirillo
@ andrea-cirillo Да, спасибо. Проблема больше не появляется.
Петзи
2
Это, кажется, проблема снова. Пытался обновить с 3.5.2 -> 3.6.2, и получил то же сообщение.
Adam_G
Я также получил сообщение об ошибке ... Тем не менее, я подозреваю, что updateRсработало, хотя я получил сообщение об ошибке, так как при перезапуске R оно обновилось до 3.6.2, и похоже, что большинство моих пакетов также пережили обновление.
Майкл
12

Вставьте это в консоль и выполните команды:

## How to update R in RStudio using installr package (for Windows)
## paste this into the console and run the commands
## "The updateR() command performs the following: finding the latest R version, downloading it, running the installer, deleting the installation file, copy and updating old packages to the new R installation."
## more info here: https://cran.r-project.org/web/packages/installr/index.html

install.packages("installr")
library(installr)
updateR()

## Watch for small pop up windows. There will be many questions and they don't always pop to the front. 
## Note: It warns that it might work better in Rgui but I did it in Rstudio and it worked just fine. 
Кара Вогсленд
источник
Там
К вашему сведению, это все еще работает. Всякий раз, когда мне нужно обновить R, я ищу здесь свой ответ и вставляю код. :)
Cara Wogsland
8

Существует новый пакет с именем installr, который может обновить вашу версию R в R на платформе Windows. Пакет был собран под версию 3.2.3

В R Studio нажмите Инструменты и выберите Установить пакеты ..., затем введите имя «installr» и нажмите «Установить». В качестве альтернативы вы можете ввести install.packages ("installr") в консоли.

Как только R studio завершит установку пакета, загрузите его, введя require (installr) в консоли.

Чтобы начать процесс обновления для вашей установки R, введите updateR () . Эта функция будет проверять наличие новых версий R и, если она доступна, поможет вам в принятии решений, которые вам необходимо принять. Если ваша установка R актуальна, она вернет FALSE.

Если вы решите скачать и установить более новую версию. Существует опция для копирования / перемещения всех ваших пакетов из текущей установки R в более новую установку R, что очень удобно.

Выйдите и перезапустите R Studio после завершения процесса обновления. R Studio загрузит более новую версию R.

Перейдите по этой ссылке, если вы хотите узнать больше о том, как использовать пакет установки .

Уэсли Токой
источник
4

Просто перезапустите R Studio после установки новой версии R. Чтобы подтвердить, что вы находитесь на новой версии,> версия, и вы должны увидеть новые детали.

jidulberger
источник
4

Не используйте Rstudio для обновления R. Rstudio - это НЕ R, Rstudio - это просто IDE. Этот ответ является сводкой предыдущих ответов для разных ОС. Для всех ОС удобно заранее посмотреть, что произойдет с уже установленными здесь пакетами .

ОКНА - >> Откройте CMD / Powershell от имени администратора и введите «R», чтобы перейти в интерактивный режим. Если это не работает, найдите и запустите RGui.exe вместо записи R в консоли ... и затем:

lib_path <- gsub( "/", "\\\\" , Sys.getenv("R_LIBS_USER"))
install.packages("installr", lib = lib_path)
install.packages("stringr", lib_path)
library(stringr, lib.loc = lib_path)
library(installr, lib.loc = lib_path)
installr::updateR()

MacOS - >> Вы можете использовать пакет updateR . Пакет не в CRAN, поэтому вам нужно запустить следующий код в Rgui:

install.packages("devtools")
devtools::install_github("AndreaCirilloAC/updateR")
updateR(admin_password = "PASSWORD") # Where "PASSWORD" stands for your system password

Обратите внимание, что в ближайшем будущем планируется объединить updateR и installR для работы как на Mac, так и на Windows.

Linux - >> На данный момент installrНЕ доступно для Linux / MacOS (см. Документацию для текущей версии 0.20 ). Поскольку R установлен, вы можете следовать этим инструкциям (в Ubuntu, хотя идея аналогична в других дистрибутивах: добавить исходный код, обновить, обновить и установить.)

Луис Мартинс
источник
1

Я обнаружил, что для меня лучшим постоянным решением для того, чтобы оставаться в курсе под Linux, было установить R-patch-проект. Это будет поддерживать вашу установку R в актуальном состоянии, и вам даже не нужно будет перемещать ваши пакеты между установками (что описано в ответе RyanStochastic).

Для openSUSE см. Инструкции здесь .


источник