Пользователи Expert R, что в вашем .Rprofile? [закрыто]

272

Я всегда находил файлы профиля запуска других людей полезными и поучительными в отношении языка. Более того, хотя у меня есть некоторые настройки для Bash и Vim , у меня нет ничего для R.

Например, одна вещь, которую я всегда хотел, это разные цвета для ввода и вывода текста в оконном терминале и, возможно, даже подсветка синтаксиса.

Peter Mortensen
источник
29
К сожалению, вопрос закрыт, но я считаю, что правильный ответ - «ничего». Вместо того, чтобы использовать .Rprofile, я предлагаю держать скрипт инициализации на верхнем уровне каждого проекта, который вызывается, запускает его в начале каждого скрипта в вашем проекте. Это позволяет воспроизводить вашу работу для других пользователей через систему контроля версий. Но здесь есть несколько блестящих ответов! Я буду помещать некоторые из этих идей в свои собственные сценарии инициализации.
Geneorama
18
@geneorama - Хороший комментарий, но я бы немного уточнил ваш ответ: он .Rprofileне должен содержать код, который изменяет результаты. То, что вы можете включить, - это материал, который изменяет внешний вид R (например options("width"=160)) или зеркала CRAN по умолчанию (например options(repos = c(CRAN = "http://cran.rstudio.com"))). Однако не загружайте пакеты, не изменяйте параметры по умолчанию для регулярно используемых функций, не определяйте функции и т. Д. Ваш код должен быть автономным и воспроизводить результаты без вашего конкретного .Rprofileфайла.
user2503795
@geneorama, где я должен поместить пользовательские функции тогда? Возможно, в отдельном пакете / пространстве имен? Это легко / возможно внутри .Rprofile?
Аарон МакДейд,
2
@ aaron-mcdaid First @ user2503795 абсолютно прав, .Rprofileэто подходящее место для внесения изменений в приложение. Во-вторых, ваш вопрос должен быть отдельным вопросом SO. Я пытаюсь использовать шаблон, аналогичный тому, что мы делали в нашем проекте проверки продуктов питания (см. Схему кода и шаги инициализации в верхней части каждого сценария).
Geneorama

Ответы:

96

Вот мой. Это не поможет вам с окраской, но я понял это из ESS и Emacs ...

options("width"=160)                # wide display with multiple monitors
options("digits.secs"=3)            # show sub-second time stamps

r <- getOption("repos")             # hard code the US repo for CRAN
r["CRAN"] <- "http://cran.us.r-project.org"
options(repos = r)
rm(r)

## put something this is your .Rprofile to customize the defaults
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
        function(...) grDevices::X11.options(width=8, height=8, 
                                             xpos=0, pointsize=10, 
                                             #type="nbcairo"))  # Cairo device
                                             #type="cairo"))    # other Cairo dev
                                             type="xlib"))      # old default

## from the AER book by Zeileis and Kleiber
options(prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)


options("pdfviewer"="okular")         # on Linux, use okular as the pdf viewer
Dirk Eddelbuettel
источник
Я не уверен, но я думаю, что теперь X11.options был заменен на windows.options. Это правда?
Мануэль Рамон
Вместо того, чтобы создавать, rа затем - rmэто, вы можете поместить это в local({ })блок. Хороший ответ, хотя, я люблю конфигурацию X11!
Аарон МакДейд
Да, local({ ... })как показано в help(Startup)том, что я обычно делаю в эти дни Rprofile.site.
Хакер
59
options(stringsAsFactors=FALSE)

Хотя на самом деле этого нет в моем .Rprofile, потому что это может нарушить код моих соавторов, я бы хотел, чтобы это было по умолчанию. Зачем?

1) Векторы персонажей используют меньше памяти (но только);

2) Что еще более важно, мы бы избежали таких проблем, как:

> x <- factor(c("a","b","c"))
> x
[1] a b c
Levels: a b c
> x <- c(x, "d")
> x
[1] "1" "2" "3" "d"

и

> x <- factor(c("a","b","c"))
> x[1:2] <- c("c", "d")
Warning message:
In `[<-.factor`(`*tmp*`, 1:2, value = c("c", "d")) :
  invalid factor level, NAs generated

Факторы хороши, когда они вам нужны (например, реализуют упорядочение в графиках), но большую часть времени создают неудобства.

Эдуардо Леони
источник
Эдуардо - Интересно, каковы преимущества неиспользования факторов?
Medriscoll
28
+1 Хотелось бы, чтобы это было по умолчанию в R.
Итератор
5
Обратите внимание, что символьные векторы, кажется, только используют меньше памяти (двести байтов или около того) в 32-битных системах. На 64-битных системах коэффициенты использования значительно меньше. stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2012-August/321919.html
Ари Б. Фридман,
+1 Спасибо за указание на некоторые основные проблемы с факторами. Система форматирования SAS имеет много преимуществ перед этим, imo. При чтении из текста stringsAsFactors всегда имеет значение false. Однако для передачи данных я избегаю чтения из электронной таблицы, где это возможно.
AdamO
58

Я ненавижу вводить полные слова «голова», «сводка», «имена» каждый раз, поэтому я использую псевдонимы.

Вы можете поместить псевдонимы в свой файл .Rprofile, но вы должны использовать полный путь к функции (например, utils :: head), иначе она не будет работать.

# aliases
s <- base::summary
h <- utils::head
n <- base::names

РЕДАКТИРОВАТЬ: чтобы ответить на ваш вопрос, вы можете использовать пакет colorout , чтобы иметь разные цвета в терминале. Прохладно! :-)

оборота
источник
8
Я думаю, что nбудет кусать меня, лично, в задней части во время отладки.
Роман Луштрик
2
Хорошо для интерактивного использования R, но они не переносимы - не помещайте их в свой (написанный) код!
Винс
25
Если вы когда-либо удаляете все объекты в вашей глобальной среде, то псевдонимы выше также будут удалены. Вы можете предотвратить это, скрыв это в окружающей среде. .startup <- new.env() assign("h", utils::head, env=.startup) assign("n", base::names, env=.startup) assign("ht", function(d) rbind(head(d,6),tail(d,6)) , env=.startup) assign("s", base::summary, env=.startup) attach(.startup)
Кевин Райт
12
Я попробовал эту прекрасную идею, но я уже использовал s, поэтому я сделал sum <- base::summary. Это была не очень хорошая идея.
Том
1
re colorout: "" "Этот пакет был заархивирован: он использовал точки входа без API, не разрешенные политиками CRAN." ""
isomorphismes
26

Вот мой. Я всегда использую основной репозиторий Cran, и у меня есть код, чтобы облегчить получение исходного кода пакета в разработке.

.First <- function() {
    library(graphics)
    options("repos" = c(CRAN = "http://cran.r-project.org/"))
    options("device" = "quartz")
}

packages <- list(
  "describedisplay" = "~/ggobi/describedisplay",
  "linval" = "~/ggobi/linval", 

  "ggplot2" =  "~/documents/ggplot/ggplot",
  "qtpaint" =  "~/documents/cranvas/qtpaint", 
  "tourr" =    "~/documents/tour/tourr", 
  "tourrgui" = "~/documents/tour/tourr-gui", 
  "prodplot" = "~/documents/categorical-grammar"
)

l <- function(pkg) {
  pkg <- tolower(deparse(substitute(pkg)))
  if (is.null(packages[[pkg]])) {
    path <- file.path("~/documents", pkg, pkg)
  } else {
    path <- packages[pkg]
  }

  source(file.path(path, "load.r"))  
}

test <- function(path) {
  path <- deparse(substitute(path))
  source(file.path("~/documents", path, path, "test.r"))  
}
Hadley
источник
26

Мне нравится сохранять историю команд R и делать ее доступной каждый раз, когда я запускаю R:

В оболочке или .bashrc:

export R_HISTFILE=~/.Rhistory

в профиле:

.Last <- function() {
        if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
                require(utils)
                try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
        }
}
Jeff
источник
23

Вот две функции, которые я считаю удобными для работы с окнами.

Первый преобразует \с в /.

.repath <- function() {
   cat('Paste windows file path and hit RETURN twice')
   x <- scan(what = "")
   xa <- gsub('\\\\', '/', x)
   writeClipboard(paste(xa, collapse=" "))
   cat('Here\'s your de-windowsified path. (It\'s also on the clipboard.)\n', xa, '\n')
 }

Второй открывает рабочий каталог в новом окне проводника.

getw <- function() {
    suppressWarnings(shell(paste("explorer",  gsub('/', '\\\\', getwd()))))
}
Том
источник
2
Это .repathбудет так попасть в мой .Rprofile.
Вальдир Леонсио
1
Я написал дополнение RStudio , включающее эту функцию. Вы просто копируете путь, выбираете меню из RStudio, и преобразованный путь будет вставлен в ваше местоположение курсора. Это должно сохранить некоторые нажатия клавиш.
Дракодок
1
Я ненавижу проблему пути Windows SOOO много. Я думаю, что у меня могло бы быть даже лучшее решение. Я добавил фрагмент. так что все, что мне нужно сделать, это набрать wpp, затем нажать tab и мой скопированный путь отобразится. Вот код snippet wpp `r paste("\"", gsub("\\\\", "/", readClipboard()), "\"", sep = "")`
jamesguy0121
18

У меня есть такой, более динамичный трюк для использования полной ширины терминала, который пытается прочитать из переменной среды COLUMNS (в Linux):

tryCatch(
  {options(
      width = as.integer(Sys.getenv("COLUMNS")))},
  error = function(err) {
    write("Can't get your terminal width. Put ``export COLUMNS'' in your \
           .bashrc. Or something. Setting width to 120 chars",
           stderr());
    options(width=120)}
)

Таким образом, R будет использовать всю ширину, даже если вы измените размер окна терминала.

Branimir Dolicki
источник
1
Когда COLUMNSне установлен, вы можете попробовать width = as.integer(system('tput cols',intern=TRUE)в качестве backstop.
Шаббычеф
17

Большинство моих личных функций и загруженных библиотек находятся в скрипте Rfunctions.r

source("c:\\data\\rprojects\\functions\\Rfunctions.r")


.First <- function(){
   cat("\n Rrrr! The statistics program for Pirates !\n\n")

  }

  .Last <- function(){
   cat("\n Rrrr! Avast Ye, YO HO!\n\n")

  }


#===============================================================
# Tinn-R: necessary packages
#===============================================================
library(utils)
necessary = c('svIDE', 'svIO', 'svSocket', 'R2HTML')
if(!all(necessary %in% installed.packages()[, 'Package']))
  install.packages(c('SciViews', 'R2HTML'), dep = T)

options(IDE = 'C:/Tinn-R/bin/Tinn-R.exe')
options(use.DDE = T)

library(svIDE)
library(svIO)
library(svSocket)
library(R2HTML)
guiDDEInstall()
shell(paste("mkdir C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep=""))
pldir <- paste("C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep="")

plot.str <-c('savePlot(paste(pldir,script,"\\BeachSurveyFreq.pdf",sep=""),type="pdf")')
kpierce8
источник
1
Хех, я думал о названии R GUI "Arrr" - это гораздо более простой способ добавить немного пиратского совершенства.
Шарпи
2
Ах, спасибо. Приятно осознавать, что я не единственный, кто думает о пиратстве, когда разжигает Р. :-) Клянусь, я справлюсь с этим на днях.
АРС
1
Это объясняет, почему @Dirk устанавливал свой крюк в своем сценарии ...
Джеймс
1
«Avast Ye» - нестандартный пират . Я предпочитаю, чтобы мой пират соответствовал стандартам. Кроме того, это означает ~ "держаться крепко", поэтому не будет ли больше смысла с самого начала? : P
naught101
2
На самом деле это имеет смысл в конце. Поскольку после выхода из домена r мы возвращаемся к меньшей среде вокруг него и снова должны работать с электронными таблицами и специальными текстовыми файлами.
kpierce8
17

Вот из моего ~ / .Rprofile , предназначенного для Mac и Linux.

Это делает ошибки легче увидеть.

options(showWarnCalls=T, showErrorCalls=T)

Я ненавижу выбор меню CRAN, поэтому установите хороший.

options(repos=c("http://cran.cnr.Berkeley.edu","http://cran.stat.ucla.edu"))

Больше истории!

Sys.setenv(R_HISTSIZE='100000')

Следующее предназначено для запуска на Mac OSX из терминала (который я очень предпочитаю R.app, потому что он более стабилен, и вы можете организовать свою работу по каталогу; также убедитесь, что вы получили хороший ~ / .inputrc ). По умолчанию вы получаете дисплей X11, который выглядит не так хорошо; это вместо этого дает кварцевый дисплей такой же, как графический интерфейс. Предполагается, что это ifутверждение должно отражать случай, когда вы запускаете R из терминала на Mac.

f = pipe("uname")
if (.Platform$GUI == "X11" && readLines(f)=="Darwin") {
  # http://www.rforge.net/CarbonEL/
  library("grDevices")
  library("CarbonEL")
  options(device='quartz')
  Sys.unsetenv("DISPLAY")
}
close(f); rm(f)

И предварительно загрузить несколько библиотек,

library(plyr)
library(stringr)
library(RColorBrewer)
if (file.exists("~/util.r")) {
  source("~/util.r")
}

где util.r - случайный пакет с вещами, которые я использую, в потоке.

Кроме того, поскольку другие люди упоминали ширину консоли, вот как я это делаю.

if ( (numcol <-Sys.getenv("COLUMNS")) != "") {
  numcol = as.integer(numcol)
  options(width= numcol - 1)
} else if (system("stty -a &>/dev/null") == 0) {
  # mac specific?  probably bad in the R GUI too.
  numcol = as.integer(sub(".* ([0-9]+) column.*", "\\1", system("stty -a", intern=T)[1]))
  if (numcol > 0)
    options(width=  numcol - 1 )
}
rm(numcol)

На самом деле это не .Rprofileтак, потому что вы должны перезапускать его каждый раз, когда вы изменяете размер окна терминала. У меня есть это util.rтогда, я просто поставляю это по мере необходимости.

Брендан Оконнор
источник
Если я открою R в окне xterm (введя «R»), должно ли оно открыть окно, похожее на R? Я не могу сказать никакой разницы, добавив этот .Rprofile в мой домашний каталог.
Ричард Херрон
Нет. То, что это делает, это держит все в консоли. Однако при построении графика он использует более умное устройство отображения, чем устройство отображения по умолчанию X11.
Брендан Оконнор
Я чувствую, что эти скрипты изменения размера окна могут быть полезны. Вы согласны?
изоморфизм
16

Вот мой:

.First <- function () {
  options(device="quartz")
}

.Last <- function () {
  if (!any(commandArgs() == '--no-readline') && interactive()) {
    require(utils)
    try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
  }
}

# Slightly more flexible than as.Date
# my.as.Date("2009-01-01") == my.as.Date(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
my.as.Date <- function (a, b=NULL, c=NULL, ...) {
  if (class(a) != "character")
    return (as.Date(sprintf("%d-%02d-%02d", a, b, c)))
  else
    return (as.Date(a))
}

# Some useful aliases
cd <- setwd
pwd <- getwd
lss <- dir
asd <- my.as.Date # examples: asd("2009-01-01") == asd(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
last <- function (x, n=1, ...) tail(x, n=n, ...)

# Set proxy for all web requests
Sys.setenv(http_proxy="http://192.168.0.200:80/")

# Search RPATH for file <fn>.  If found, return full path to it
search.path <- function(fn,
     paths = strsplit(chartr("\\", "/", Sys.getenv("RPATH")), split =
                switch(.Platform$OS.type, windows = ";", ":"))[[1]]) {
  for(d in paths)
     if (file.exists(f <- file.path(d, fn)))
        return(f)
  return(NULL)
}

# If loading in an environment that doesn't respect my RPATH environment
# variable, set it here
if (Sys.getenv("RPATH") == "") {
  Sys.setenv(RPATH=file.path(path.expand("~"), "Library", "R", "source"))
}

# Load commonly used functions
if (interactive())
  source(search.path("afazio.r"))

# If no R_HISTFILE environment variable, set default
if (Sys.getenv("R_HISTFILE") == "") {
  Sys.setenv(R_HISTFILE=file.path("~", ".Rhistory"))
}

# Override q() to not save by default.
# Same as saying q("no")
q <- function (save="no", ...) {
  quit(save=save, ...)
}

# ---------- My Environments ----------
#
# Rather than starting R from within different directories, I prefer to
# switch my "environment" easily with these functions.  An "environment" is
# simply a directory that contains analysis of a particular topic.
# Example usage:
# > load.env("markets")  # Load US equity markets analysis environment
# > # ... edit some .r files in my environment
# > reload()             # Re-source .r/.R files in my environment
#
# On next startup of R, I will automatically be placed into the last
# environment I entered

# My current environment
.curr.env = NULL

# File contains name of the last environment I entered
.last.env.file = file.path(path.expand("~"), ".Rlastenv")

# Parent directory where all of my "environment"s are contained
.parent.env.dir = file.path(path.expand("~"), "Analysis")

# Create parent directory if it doesn't already exist
if (!file.exists(.parent.env.dir))
  dir.create(.parent.env.dir)

load.env <- function (string, save=TRUE) {
  # Load all .r/.R files in <.parent.env.dir>/<string>/
  cd(file.path(.parent.env.dir, string))
  for (file in lss()) {
    if (substr(file, nchar(file)-1, nchar(file)+1) %in% c(".r", ".R"))
      source(file)
  }
  .curr.env <<- string
  # Save current environment name to file
  if (save == TRUE) writeLines(.curr.env, .last.env.file)
  # Let user know environment switch was successful
  print (paste(" -- in ", string, " environment -- "))
}

# "reload" current environment.
reload <- resource <- function () {
  if (!is.null(.curr.env))
    load.env(.curr.env, save=FALSE)
  else
    print (" -- not in environment -- ")
}

# On startup, go straight to the environment I was last working in
if (interactive() && file.exists(.last.env.file)) {
  load.env(readLines(.last.env.file))
}
Alfred J Fazio
источник
1
Вы не должны публиковать адрес доверенного лица вашего учреждения на общедоступном веб-сайте.
dalloliogm
13
dalloliogm, это частный (не публичный) IP-адрес. Есть сотни тысяч компьютеров по всему миру с таким же IP-адресом. Удачи в попытке выяснить, какой из них мой!
Альфред Дж Фацио
2
Альфред, вы нашли способ определять функции в .Rprofile (как у вас здесь), не отображая их при выполнении ls (), кроме именования с начальным '.'? У меня слишком много помех от функций, которые я определил, когда выполняю ls (). Спасибо
Кит
4
@ Присвойте их среде и присоедините среду к пути поиска, затем выполните очистку. Если функции находятся в отдельном файле, вы можете напрямую обращаться к среде. Видите ?new.env, ?assignи ?sys.source. Если вы не можете заставить его работать, опубликуйте новый вопрос на SO, и я уверен, что вы получите ответы.
Гэвин Симпсон
Вы my.as.Dateможете быть заменены Lubridateпакетом. Я прав?
изоморфизм
11
sink(file = 'R.log', split=T)

options(scipen=5)

.ls.objects <- function (pos = 1, pattern, order.by = "Size", decreasing=TRUE, head =     TRUE, n = 10) {
  # based on postings by Petr Pikal and David Hinds to the r-help list in 2004
  # modified by: Dirk Eddelbuettel (http://stackoverflow.com/questions/1358003/tricks-to-    manage-the-available-memory-in-an-r-session) 
  # I then gave it a few tweaks (show size as megabytes and use defaults that I like)
  # a data frame of the objects and their associated storage needs.
  napply <- function(names, fn) sapply(names, function(x)
          fn(get(x, pos = pos)))
  names <- ls(pos = pos, pattern = pattern)
  obj.class <- napply(names, function(x) as.character(class(x))[1])
  obj.mode <- napply(names, mode)
  obj.type <- ifelse(is.na(obj.class), obj.mode, obj.class)
  obj.size <- napply(names, object.size) / 10^6 # megabytes
  obj.dim <- t(napply(names, function(x)
            as.numeric(dim(x))[1:2]))
  vec <- is.na(obj.dim)[, 1] & (obj.type != "function")
  obj.dim[vec, 1] <- napply(names, length)[vec]
  out <- data.frame(obj.type, obj.size, obj.dim)
  names(out) <- c("Type", "Size", "Rows", "Columns")
  out <- out[order(out[[order.by]], decreasing=decreasing), ]
  if (head)
    out <- head(out, n)
  out
}
Патрик Макканн
источник
11

Сделайте так, чтобы data.frames отображались как «head», только без необходимости вводить «head»

print.data.frame <- function(df) {
   if (nrow(df) > 10) {
      base::print.data.frame(head(df, 5))
      cat("----\n")
      base::print.data.frame(tail(df, 5))
   } else {
      base::print.data.frame(df)
   }
}

(Из Как сделать так, чтобы «голова» автоматически применялась к выводу? )

Хью Перкинс
источник
10

У меня часто есть цепочка отладочных вызовов, которые мне нужны, и раскомментирование их может быть очень утомительным. С помощью сообщества SO я выбрал следующее решение и вставил его в свой .Rprofile.site. # BROWSERтам для моих задач Eclipse, так что у меня есть обзор вызовов браузера в окне просмотра задач.

# turn debugging on or off
# place "browser(expr = isTRUE(getOption("debug"))) # BROWSER" in your function
# and turn debugging on or off by bugon() or bugoff()
bugon <- function() options("debug" = TRUE)
bugoff <- function() options("debug" = FALSE) #pun intended
оборота Роман Луштрик
источник
9

Мой не слишком причудливый

# So the mac gui can find latex
Sys.setenv("PATH" = paste(Sys.getenv("PATH"),"/usr/texbin",sep=":"))

#Use last(x) instead of x[length(x)], works on matrices too
last <- function(x) { tail(x, n = 1) }

#For tikzDevice caching 
options( tikzMetricsDictionary='/Users/cameron/.tikzMetricsDictionary' )
cameron.bracken
источник
8
setwd("C://path//to//my//prefered//working//directory")
library("ggplot2")
library("RMySQL")
library("foreign")
answer <- readline("What database would you like to connect to? ")
con <- dbConnect(MySQL(),user="root",password="mypass", dbname=answer)

Я много работаю с базами данных mysql, поэтому подключение - это просто находка. Мне только жаль, что не было способа перечислить доступные базы данных, чтобы мне не пришлось запоминать все разные имена.

Брэндон Бертельсен
источник
4
глупый я dbGetQuery (con, «показать базы данных»)
Брэндон Бертельсен
8

Пост Стивена Тернера на .Rprofiles содержит несколько полезных псевдонимов и начальных функций.

Я часто использую его ht и hh.

#ht==headtail, i.e., show the first and last 10 items of an object
ht <- function(d) rbind(head(d,10),tail(d,10))

# Show the first 5 rows and first 5 columns of a data frame or matrix
hh <- function(d) d[1:5,1:5]
Рам Нарасимхан
источник
Есть пакет с именем BurStMisc, который содержит функцию с именем, cornerкоторая делает то же самое, что и ваша hhфункция, и немного больше. ;)
Вальдир Леонсио
7

Вот мое, в том числе некоторые из упомянутых идей.

Вы можете захотеть взглянуть на две вещи:

  • .set.width () / w () обновляет ширину печати до размера терминала. К сожалению, я не нашел способа сделать это автоматически при изменении размера терминала - в документации R упоминается, что это делают некоторые интерпретаторы R.
  • история сохраняется каждый раз вместе с отметкой времени и рабочим каталогом

,

.set.width <- function() {
  cols <- as.integer(Sys.getenv("COLUMNS"))
  if (is.na(cols) || cols > 10000 || cols < 10)
    options(width=100)
  options(width=cols)
}

.First <- function() {
  options(digits.secs=3)              # show sub-second time stamps
  options(max.print=1000)             # do not print more than 1000 lines
  options("report" = c(CRAN="http://cran.at.r-project.org"))
  options(prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)
}

# aliases
w <- .set.width

.Last <- function() {
  if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
    timestamp(,prefix=paste("##------ [",getwd(),"] ",sep=""))
    try(savehistory("~/.Rhistory"))
   }
}
Florian Bw
источник
7

Я использую следующее, чтобы cacheSweave (или pgfSweave) работал с кнопкой «Компилировать PDF» в RStudio:

library(cacheSweave)
assignInNamespace("RweaveLatex", cacheSweave::cacheSweaveDriver, "utils")
ROLO
источник
7

Вот мой. Ничего особенного. Мысли о том, почему конкретный выбор:

  • Я пошел с установкой значения по умолчанию для, stringsAsFactorsпотому что я нахожу чрезвычайно утомительным передавать его в качестве аргумента каждый раз, когда я читаю CSV. Тем не менее, это уже вызвало у меня небольшое раздражение при использовании кода, написанного на моем обычном компьютере, на компьютере, который не было моего .Rprofile. Я держу это, хотя, поскольку проблемы, которые это вызвало бледный по сравнению с проблемами, не заставляющими это быть установленным каждый день, чтобы вызвать.
  • Если вы не загрузили utilsпакет раньше options(error=recover), он не сможет найти восстановление, если он помещен в interactive()блок.
  • Я использовал .dbдля своей настройки Dropbox, а не options(dropbox=...)потому, что я использую его все время внутри, file.pathи это экономит много печатать. Ведущий .удерживает его от появления ls().

Без дальнейших церемоний:

if(interactive()) {
    options(stringsAsFactors=FALSE)
    options(max.print=50)
    options(repos="http://cran.mirrors.hoobly.com")
}

.db <- "~/Dropbox"
# `=` <- function(...) stop("Assignment by = disabled, use <- instead")
options(BingMapsKey="blahblahblah") # Used by taRifx.geo::geocode()

.First <- function() {
    if(interactive()) {
        require(functional)
        require(taRifx)
        require(taRifx.geo)
        require(ggplot2)
        require(foreign)
        require(R.utils)
        require(stringr)
        require(reshape2)
        require(devtools)
        require(codetools)
        require(testthat)
        require(utils)
        options(error=recover)
    }
}
Ари Б. Фридман
источник
7

Вот небольшой фрагмент для экспорта таблиц в LaTeX . Он изменяет все имена столбцов на математический режим для многих отчетов, которые я пишу. Остальная часть моего .Rprofile довольно стандартна и в основном описана выше.

# Puts $dollar signs in front and behind all column names col_{sub} -> $col_{sub}$

amscols<-function(x){
    colnames(x) <- paste("$", colnames(x), "$", sep = "")
    x
}
N8TRO
источник
5

Я установил свою цветовую тему решетки в своем профиле. Вот два других твика, которые я использую:

# Display working directory in the titlebar
# Note: This causes demo(graphics) to fail
utils::setWindowTitle(base::getwd())
utils::assignInNamespace("setwd",function(dir)   {.Internal(setwd(dir));setWindowTitle(base::getwd())},"base")

# Don't print more than 1000 lines
options(max.print=2000)
Кевин Райт
источник
1
Эта setwdзамена будет работать лучше в версии:utils::assignInNamespace("setwd",function(dir) {on.exit(setWindowTitle(base::getwd())); .Internal(setwd(dir))}, "base")
Марек
5

У меня есть переменная окружения R_USER_WORKSPACE, которая указывает на верхний каталог моих пакетов. В .Rprofile я определяю функцию devlib, которая устанавливает рабочий каталог (чтобы data () работал) и искал все файлы .R в подкаталоге R. Это очень похоже на функцию l () Хэдли выше.

devlib <- function(pkg) {
  setwd(file.path(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."), deparse(substitute(pkg)), "dev"))
  sapply(list.files("R", pattern=".r$", ignore.case=TRUE, full.names=TRUE), source)
  invisible(NULL)
}

.First <- function() {
  setwd(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."))
  options("repos" = c(CRAN = "http://mirrors.softliste.de/cran/", CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
}

.Last <- function() update.packages(ask="graphics")
Карстен В.
источник
5

Я обнаружил, что две функции действительно необходимы: во-первых, когда я установил debug()несколько функций и исправил ошибку, я хочу использовать undebug()все функции, а не одну за другой. undebug_all()Функция добавлена в общепринятом ответ здесь лучше.

Во-вторых, когда я определил много функций и ищу конкретное имя переменной, его трудно найти во всех результатах ls(), включая имена функций. lsnofun()Функция размещена здесь действительно хорошо.

Али
источник