Это концептуальный вопрос.
Каковы различия между ними? и каковы плюсы и минусы этих форматов?
По словам Майка Бостока (и других участников расширения TopoJSON):
TopoJSON - это расширение GeoJSON, которое кодирует топологию. Вместо того, чтобы представлять геометрию дискретно, геометрии в файлах TopoJSON сшиваются вместе из общих отрезков, называемых дугами. TopoJSON устраняет избыточность, предлагая гораздо более компактные представления геометрии, чем с GeoJSON; типичные файлы TopoJSON на 80% меньше, чем их эквиваленты GeoJSON. Кроме того, TopoJSON облегчает приложения, использующие топологию, такие как упрощение форм с сохранением топологии, автоматическое окрашивание карты и картограммы.
Одним из возможных недостатков TopoJSON является необходимость реализации поддержки преобразования TopoJSON обратно в GeoJSON для библиотек, которые работают только с GeoJSON.