Используя ArcSDE, вы можете хранить пространственные данные в основном в 2 форматах. Либо используя собственный формат SDE (который является BLOB), либо ИЛИ в зависимости от используемой вами базы данных (SQL Server, Oracle, PostGIS, я думаю, что и DB2 пространственная) в соответствующем собственном формате базы данных. Например, для Oracle это тип SDO_GEOMETRY, а для SQL Server - пространственные типы Geography или Geometry.
Какой формат вы на самом деле используете, зависит от вас, и он не будет / не должен иметь (огромного) значения на стороне клиента. Любой клиент ESRI (например, Arcmap) будет обрабатывать данные таким же образом. Я бы предложил использовать собственный формат SQL Server (или Oracle, если вы его использовали), так как в противном случае я думаю, что вам придется использовать инструменты только для ESRI, чтобы выполнять даже самые простые пространственные запросы или анализ. Использование собственного формата БД, с другой стороны, позволит вам запрашивать данные и у других клиентов, и даже из SQL Server Management Studio. И, как говорит @Blomster, вы можете перенести большую часть пространственной логики в хранимые процедуры.
Первым шагом для импорта шейп-файлов в SQL Server будет загрузка удобной утилиты Shape2SQL от Extremeley от Morten Nielsen.