Есть много статей, преувеличивающих (ИМХО конечно) необходимость innodb_file_per_table. Я понимаю, что с innodb_file_per_tableэтим должен быть лучший контроль над отдельными таблицами; как резервное копирование каждой таблицы в отдельности. Однако претензия на лучшую производительность сомнительна....