вступление

У нас были гистограммы и подсчеты , но мы не перечислили их все.

Ежегодно ООО «Дьялог» проводит студенческий конкурс. Задача состоит в том, чтобы написать хороший код APL. Это не зависящее от языка кодовое издание шестой проблемы этого года.

У меня есть явное разрешение опубликовать этот вызов здесь от первоначального автора конкурса. Не стесняйтесь проверить, перейдя по предоставленной ссылке и связавшись с автором.

проблема

Термин k-mer обычно относится ко всем возможным подстрокам длины k , которые содержатся в строке. В вычислительной геномике k-меры относятся ко всем возможным подпоследовательностям (длиной k ) из чтения, полученного с помощью секвенирования ДНК. Напишите функцию / программу, которая принимает строку и k (длину подстроки) и возвращает / выводит вектор k-мер исходной строки.

Примеры

[4,"ATCGAAGGTCGT"] → ["ATCG","TCGA","CGAA","GAAG","AAGG","AGGT","GGTC","GTCG","TCGT"]

k > длина строки? Ничего не вернуть / пустой результат:
[4,"AC"]→ []или ""или[""]

Желе , 1 байт

ṡ

У желе есть однобайтовый диадический атом для этой самой операции

Попробуйте онлайн! (нижний колонтитул разделяет результирующий список с помощью новых строк, чтобы избежать печатного представления.)

Октава, 28 байт

@(N,s)s((1:N)+(0:nnz(s)-N)')

Попробуйте онлайн!

Для k> длина строки работает в окнах Octave 4.2.1, но в tio (Octave 4.0.3) не работает.

Создает числовые индексы последовательных элементов и индексирует строку по ним.

s= "ATCGAAGGTCGT"
N = 4
idx = (1:N)+(0:nnz(s)-N)'
 =
    1    2    3    4
    2    3    4    5
    3    4    5    6
    4    5    6    7
    5    6    7    8
    6    7    8    9
    7    8    9   10
    8    9   10   11
    9   10   11   12

s(idx) =

ATCG
TCGA
CGAA
GAAG
AAGG
AGGT
GGTC
GTCG
TCGT

05AB1E , 2 байта

Код:

Ν

Объяснение:

Π     # Get all substrings of the input
 ù     # Only keep the substrings of length the second input

Использует кодировку 05AB1E .

Попробуйте онлайн!

C (GCC на POSIX), 67 66 63 байта

-3 байта благодаря @LeakyNun!

f(i,s,j)char*s;{for(;j+i<=strlen(s);puts(""))write(1,s+j++,i);}

Попробуйте онлайн!

Брахилог , 3 байта

s₎ᶠ

Попробуйте онлайн!

Технические характеристики:

• Входные данные: ["ATCGAAGGTCGT",4]
• Аргумент: Z
• Выход: Z = ["ATCG","TCGA","CGAA","GAAG","AAGG","AGGT","GGTC","GTCG","TCGT"]

Как это устроено

s₎ᶠ
s    Output is a substring of first element of input,
 ₎   with length specified by second element of input.
  ᶠ  Find all solutions.

Python 3 ,  47 45 42 байта

-3 байта благодаря ovs (используйте распаковку Python 3 для повторного использования a[n-1:]в конце)

f=lambda a,n:a[n-1:]and[a[:n],*f(a[1:],n)]

Рекурсивная функция, принимающая строку, aдлину среза nи возвращающая список срезов или пустую строку.

a[n-1:]берет фрагмент текущей строки из n-1- ^го (0-индексированного) элемента и далее, чтобы проверить, достаточно ли осталось элементов (пустая строка - ложная в Python) - это короче, чем эквивалент len(a)>=n.

• Если имеется достаточное количество элементов списка конструируют, [...]с первыми nэлементами строки, a[:n]и распакованного результате повторного вызова функции, *f(...)с версией из очереди на вход тока (без первого элемента), a[1:].

• Если элементов недостаточно, хвост рекурсии достигается, когда a[n-1:]возвращается (в этом случае пустая строка).

Попробуйте онлайн!

45 для Python 2 или 3 с:

f=lambda a,n:a[n-1:]and[a[:n]]+f(a[1:],n)or[]

J , 2 байта

,\

Это не полная программа, а функция с оператором.

Назовите это так:

echo 4 ,\ 'ATCGAAGGTCGT'

Попробуйте онлайн!

Как это устроено

Оператор (называемый «конъюнкция») \(называемый « инфикс ») используется следующим образом:

(x u\ y)применяет глагол uк последовательным частям списка y(называемым инфиксами).

Функция (называемая «глаголом») uв этом случае является функцией, ,которая является простой функцией « добавления »:

Создает массив, содержащий элементы, за xкоторыми следуют элементы y.

Mathematica, 21 байт

##~StringPartition~1&

Анонимная функция. Принимает строку и число (в этом порядке) в качестве входных данных и возвращает список строк в качестве выходных данных.

Р, 65 61 байт

-2 байта благодаря MickyT

-2 байта путем изменения индексации

возвращает анонимную функцию.

function(s,n,x=nchar(s))`if`(n>x,'',substring(s,x:n-n+1,n:x))

substringциклически перебирает индексы (в отличие от substrкоторых нет), и если начальный индекс меньше 1, по умолчанию1 вместо этого, поэтому он проверяет и возвращает пустую строку.

x:n-n+1эквивалентно 1:(x-n+1)с: имеет приоритет над суммами / разностями

Попробуйте онлайн!

Pyth , 2 байта

.:

Это не полная программа, а встроенная функция.

Назовите это так:

.:"ATCGAAGGTCGT"4

Попробуйте онлайн!

Полная программа:

.:.*

Попробуйте онлайн!

( .*Сплат.)

Медуза , 7 байт

p
_I
\i

Попробуйте онлайн!

Как это устроено

В линейном:, p(\(I,i))где pпечать и \получает необходимые подстроки.

Iявляется необработанным первым вводом, в то время iкак оценивается вторым вводом.

В Jellyfish каждая функция и оператор получают два аргумента: один справа и один снизу. Здесь функция pполучает аргумент из выходных данных _, который необходим, если мы хотим использовать оператор \для получения подстрок.

Python 2 , 54 байта

lambda x,n:map(''.join,zip(*[x[b:]for b in range(n)]))

Попробуйте онлайн!

Java (OpenJDK 8) , 92 байта

void f(String s,int n){for(int i=n;i<=s.length();)System.out.println(s.substring(i-n,i++));}

Попробуйте онлайн!

Clojure, 19 байт

Ну это удобно

#(partition % 1 %2)

Примеры:

(def f #(partition % 1 %2))
(println [(f 4 "ATCGAAGGTCGT")
          (f 4 "abc")])

[((A T C G) (T C G A) (C G A A) (G A A G) (A A G G) (A G G T) (G G T C) (G T C G) (T C G T))
 ()]

CJam , 4 байта

{ew}

Анонимный блок, который ожидает аргументы в стеке и оставляет результат в стеке после.

Попробуйте онлайн!

ew это встроенный, который делает именно то, что требуется.

Retina , 41 38 байт

.*$
$*
!&`(.)+(?=.*¶(?<-1>.)+(?(1)¶)$)

Попробуйте онлайн!

Берет строку и рассчитывает на отдельные строки. Первые две строки используются для преобразования числа из десятичного в унарное, поэтому, если унарный ввод допустим, то количество байтов будет уменьшено до 34 31. Редактирование: 3 байта сохранены благодаря @FryAmTheEggman. Или, если вы предпочитаете, 48-байтовую версию, которая обрабатывает символы новой строки в строке, хотя это приводит к сбивающему с толку выводу:

.*$
$*
!&`(\S|\s)+(?=[\S\s]*¶(?<-1>.)+(?(1)$.)$)

Октава с пакетом изображений, 29 байт

@(s,n)[im2col(+s, [1 n])' '']

Попробуйте онлайн!

объяснение

Функция im2col(m,b)берет матрицу m, извлекает bиз нее блоки размером и размещает их в виде столбцов. По умолчанию блоки являются скользящими (в отличие от отдельных). Здесь матрица mпредставляет собой вектор-строку кодов ASCII входной строки s(это делается как +s, что короче, чем стандарт double(s)), а размер bпредназначен [1 n]для получения горизонтально скользящих блоковn элементов.

Результат транспонируется (используя сложное-сопряженное транспонирование ', которое короче, чем транспонирование .'), чтобы превратить столбцы в строки, и затем он преобразуется обратно в символ ( [... '']который короче, чем стандарт char(...)).

ОК, 2 байта

':

ОК имеет оператор скользящего окна !

Python 3 , 49 байт

f=lambda a,n:[a[i:i+n]for i in range(len(a)-n+1)]

Попробуйте онлайн!

Нерекурсивное решение, хотя и не короче.

Совместим с Python 2.

PHP, 75 байт

Онлайн версия

for([,$n,$s]=$argv;$i+$n-1<strlen($s);)$r[]=substr($s,$i++,$n);print_r($r);

80 байт без двойных значений

for([,$n,$s]=$argv;$i+$n-1<strlen($s);)$r[$p=substr($s,$i++,$n)]=$p;print_r($r);

Haskell, 39 байт

n#s|length s<n=[]|1<2=take n s:n#tail s

Пример использования: 4 # "ABCDEF"-> ["ABCD","BCDE","CDEF"]. Попробуйте онлайн!

Простая рекурсия, которая сохраняет первые nсимволы входной строки, продолжается с хвоста строки, пока ее длина не меньше чем n.

Microsoft Sql Server, 199 байт

create function dbo.f(@s nvarchar(max),@ int)returns table as return
with v as(select 2 p,left(@s,@)g where len(@s)>=@ union all
select p+1,substring(@s,p,@)from v where len(@s)>p-2+@)select g from v

Проверь это.

PowerShell, 70 байт

$b={$c,$s=$args;[regex]::matches($s,"(?=(.{$c}))")|%{''+$_.groups[1]}}

Попробуйте онлайн!

С накоплением , 7 байтов

infixes

Попробуйте онлайн!

Довольно стандартный. Без этого встроенного, это становится 20 байтами:

{%x#'y-#+:>y#-#>x\#}

Который:

{%x#'y-#+:>y#-#>x\#}
{%                 }   dyad; first arg: x, second arg: y
  x#'                  length of x (the array)
     y-                minus y (the skew)
       #+              plus 1
         :>            range [x, y]
           y#-         y minus 1
              #>       range from [[x, y], [x, y] + y]
                x\#    get indices from x

MATL , 3 байта

YC!

Попробуйте онлайн!

объяснение

YC   % Sliding blocks of input string with input size, arranged as columns
!    % Transpose

C # 89 байт

void a(string s,int n){for(int i=n;i<=s.Length;)Console.WriteLine(s.Substring(i++-n,n));}

Попробуйте онлайн!

Лучший метод, который я мог найти в C #, в основном такой же, как Java

Рубин, 48 46 байт

->(s,k){0.upto(s.size-k).map{|i|s[i..i+k-1]}}

Никаких особых трюков, просто лямбда-определение, определяющая функцию, которая извлекает необходимую подстроку из каждой действительной начальной точки.

Сохранено два байта, поскольку нет необходимости хранить лямбду.

V , 16 байтов

òÀ|ly0Ïp
"_xòkVp

Боюсь, не очень хорошо в гольф, борясь с "удалить строку, если k> len (str)". Вход находится в файле, k является аргументом. Гольф перед объяснением

Попробуйте онлайн!

Стандарт ML (mosml), 109 65 61 байт

fun f(n,x)=if n>length(x)then[]else List.take(x,n)::f(n,tl x)

Принимает число и список символов (довольно распространенная альтернатива строкам в мире SML). (Действительно работает во всех списках, конечно.)

Использование:

- f(3,explode("ABCDEFGH"));
> val it =
    [[#"A", #"B", #"C"], [#"B", #"C", #"D"], [#"C", #"D", #"E"],
     [#"D", #"E", #"F"], [#"E", #"F", #"G"], [#"F", #"G", #"H"]] :
  char list list
- f(7, explode("ABCD"));
> val it = [] : char list list

Changelog:

• Хорошо, есть стандартная библиотека .. (-44 байта)
• Измените сравнение и nil на [] как предложено (-4 байта)

JavaScript (Firefox 30-57), 51 байт

(s,n,t='')=>[for(c of s)if((t+=c)[n-1])t.slice(-n)]

64 байта в ES6:

(s,n,t=s.slice(0,--n))=>[...s.slice(n)].map(c=>(t+=c).slice(~n))